多种人和动物冠状病毒在全球持续爆发和流行，说明目前在动物冠状病毒的起源、生态学、进化和传播方面还有大量空白。近日，我校动物医学院粟硕教授团队以南京农业大学为主要完成单位，联合农业部动物疫病预防控制中心、比利时鲁汶大学等单位在生物信息学专业期刊Molecular Biology and Evolution（IF=16.24）在线发表了题为Phylogeography reveals association between swine trade and the spread of porcine epidemic diarrhea virus in China and across the world的研究性论文（论文链接：https://academic.oup.com/mbe/advance-article/doi/10.1093/molbev/msab364/6482749?searchresult=1 ），论文系统解析了猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus，PEDV)的进化传播特征以及影响病毒扩散传播的潜在因素。
PEDV是猪群中有较大危害和广泛流行的一种冠状病毒，可以引起所有日龄猪只呕吐、腹泻，并在哺乳仔猪产生高的死亡率。PEDV变异毒株出现使得猪流行性腹泻在全球范围内大规模流行，而影响PEDV在中国和全球持续进化和传播的主要因素尚不清楚。因此，研究团队基于长期积累的PEDV基因组数据，结合全球和中国生猪调运数据，以及气温、养殖密度等多种环境和社会因素构建数学模型，进一步明确了影响PEDV在中国和全球传播扩散的地理枢纽和重要动力学特征。
图注：PEDV的传播动力学模型以及影响病毒扩散的潜在因素相关性分析
研究发现，在中国，生猪移动等因素可能在PEDV的传播扩散中发挥重要的作用，而广东省和河南省是PEDV在中国传播的重要枢纽地区。在全球范围内，美国和中国存在最丰富的PEDV谱系。美国流行的PEDV具有广泛的多样性，并且是将PEDV引入日本、韩国、中国和墨西哥等国家的全球扩散枢纽。此外发现，生猪贸易和养殖规模也是影响PEDV在全球范围传播扩散的重要因素。鉴于全球家畜贸易日益增长，该研究结果对预防和遏制家畜冠状病毒的流行传播扩散具有重要意义。同时，该研究模型和方法对未来防控其他重要病毒在家畜中的传播扩散具有重要参考价值。该研究得到了国家重点研发计划项目课题“畜禽冠状病毒的流行传播特征与遗传演化规律研究（2021YFD1801101）”和江苏省六大人才高峰高层次人才项目（NY-045）的资助。