南京农业大学免疫研究所座落于江苏省南京市童卫路6号（南京农业大学教11楼）， 始建于2016年，专业从事动物病毒、抗病毒免疫应用基础研究与相关技术研发的科研机构。
免疫研究所的使命定位是围绕养殖业与公共卫生、食品安全与人口健康的重大战略需求，立足中国，走向世界，重点开展动物传染病防控的病毒学、免疫学、分子生物学、细胞生物学、检诊方法、疫苗、生物安全养殖等领域前沿科学问题探索和产业技术研发，着力突破动物传染病的免疫预防与控制的前沿科学问题与技术产品，建设具有国际先进水平的病毒学研究、人才培养和高技术产业研发基地，为国家现代养殖业体系、公共安全体系建设做出重要贡献。
免疫研究所建有教育部“动物健康与食品安全”国际合作联合实验室（2017年立项）、江苏省动物免疫工程实验室（江苏省发改委2015年12月批准成立）、江苏省野生动物疫源疫病检测中心（江苏省林业局2016年批准成立）等科学研究与技术平台，拥有国内一流、国际先进的设备、设施，包括超高分辨显微镜、激光共聚焦显微镜、TIRFM单分子成像系统等大型设备及大型生物安全实验装置。
免疫研究所是兽医学博士后流动站的依托点，授予预防兽医学的博士和硕士学位。目前在读博士、硕士研究生达60多人。研究生学习和工作条件居同类学科国内领先水平，学术交流活跃。 2016年以来，免疫研究所主持承担来自国家重点研发计划专项、国家自然科学基金委员会及企业的科研项目，取得了一批发表在Lancet Infectious Diseases、Autophagy、Trends in Microbiology等国际有影响力学术期刊上的研究成果，产生了良好的社会经济效益。
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